馬刺雙塔（1997年-2003年）
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1996-97年賽季，馬刺的核心球員大衛·羅賓森因傷缺陣，加上另兩名主力也高掛免戰牌，球隊只有20勝62負的惡劣成績[11]。馬刺在1997年得到了選秀狀元籤，遂在1997年NBA選秀中選進大物新秀鄧肯。
1997-1998賽季
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鄧肯在第一個NBA例行賽已有突出表現，他的場均得分達21.1分，並獲得同年的NBA最佳新秀。
1998-1999賽季
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在縮短的1998-1999 NBA賽季，鄧肯和大衛·羅賓森組成「雙塔」順利替馬刺贏得球隊創立以來第一個NBA總冠軍，他亦獲得NBA總決賽最有價值球員。
1999-2000賽季
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鄧肯因半月板傷勢缺席季後賽，馬刺隊則於第一輪遭鳳凰城太陽淘汰。
2000-2001賽季
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在對湖人OK連線時不敵湖人可怕的火力，於西區半決賽出局。
2001-2002賽季
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在2001-2002 NBA賽季，鄧肯首次獲得NBA例行賽最有價值球員。
2002-2003賽季
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在2002-03 NBA賽季，鄧肯再次獲得NBA最有價值球員。同年鄧肯在灌籃雜誌頒發的NBA最佳的75名球員獎排名第55。在這年，鄧肯帶領聖安東尼奧馬刺再次進入NBA總決賽，最終以4:2擊敗紐澤西籃網再次獲得NBA總冠軍，鄧肯再次獲得NBA總決賽最有價值球員。其後，他和羅賓森同時獲得體育畫報頒發的最佳籃球球員稱號。他的得分、阻攻、助攻和籃板在季後賽的表現都比例行賽為佳。在2003年NBA總決賽的最後一場，鄧肯幾乎做出大四喜，獲得21分、20個籃板、10個助攻和8個阻攻。
馬刺的領導者（2003年-2013年）
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2003-2004賽季
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在2004年NBA季後賽，馬刺隊在第二輪遇到洛杉磯湖人隊，在關鍵的第五場被費雪完場前0.4秒出手絕殺。最終以4-2被淘汰，無緣進入NBA總決賽。
2004-2005賽季
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在2005年，馬刺隊再次進入NBA總決賽，在第七場，鄧肯取得25分和11個籃板，成功帶領聖安東尼奧馬刺隊以4比3擊敗底特律活塞隊，他亦第三度成為NBA總決賽最有價值球員。 鄧肯是NBA歷史上第四個取得NBA總決賽最有價值球員三次或以上的球員，其他的有麥可·喬丹、俠客·歐尼爾和艾爾文·強森。
2005-2006賽季
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2006年，鄧肯率領馬刺一路殺進西區準決賽。半決賽中遭遇達拉斯獨行俠隊，雙方大戰七場比賽。但在關鍵的第七場第四節的最後時刻，吉諾比利在馬刺隊領先3分的情況下貿然的試圖對諾維斯基的上籃封蓋，造成後者成功打成2+1。在隨後的延長賽中馬刺由於體力不支敗下陣來，這次失利也是馬刺距離衛冕最近的一次機會。本年度鄧肯獲得的榮譽為聯盟最佳陣容第二陣容、最佳防守第二陣容、全明星先發陣容。
2006-2007賽季
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2007年賽季，鄧肯每場平均有20.0分、10.6籃板、3.4助攻和2.4阻攻[3]，馬刺在季後賽第一輪4比1擊敗丹佛金塊隊、第二輪4比2擊敗鳳凰城太陽、第三輪4比1擊敗猶他爵士進入總冠軍賽，馬刺隊在總決賽中以橫掃姿態擊敗克里夫蘭騎士隊[12]，隊史第四度奪得總冠軍，鄧肯亦奪得個人生涯第四枚冠軍戒指。
2007-2008賽季
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2008年賽季，馬刺隊以56勝26負的戰績排在西區第三種子，僅次於洛杉磯湖人與紐奧良黃蜂，而馬刺在度以衛冕冠軍身分殺入季後賽。第一輪面對到有歐尼爾加盟的鳳凰城太陽，鄧肯雖然在攻守上有了些限制，第一輪第一戰卻拿下驚人的40分、並在第一節延長賽的投進追平的三分球[13]。最終馬刺以四比一淘汰了鳳凰城太陽進入第二輪。在第二輪面對到黃蜂，鄧肯在第一戰僅拿下5分3籃板，是生涯季後賽最差的成績[14]，馬刺輸了一、二戰，在歷史上，馬刺從沒在0比2的劣勢上逆轉成功，但馬刺卻隨即贏了第三、四、六、七戰，打破紀錄，前進西區決賽。不過最終仍不敵第一種子的湖人隊，又一次無法衛冕成功。
2008-2009賽季
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Duncan, 2009
這個賽季中，鄧肯總共打了75場比賽，每場平均上場33.6分鐘，並能得到19.3分、10.7籃板、3.5助攻和1.7阻攻。他被選入這一年的全明星賽先發陣容，併入選該賽季的最佳第二陣容、最佳防守第二陣容。鄧肯幫助馬刺隊以西區第四號種子的身份進入季後賽，但是馬刺隊在首輪就被達拉斯獨行俠隊以4:1的比分淘汰。
2009-2010賽季
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這個賽季中，鄧肯幫助馬刺以西區第七種子的身份，再次進入季後賽，首輪4:2擊敗上季第一輪淘汰他們的達拉斯獨行俠，報了一箭之仇；但第二輪卻因為無法施展駭客戰術，加上擋不住鳳凰城太陽的猛烈砲火，最終遭直落4剃光頭。
2010-2011賽季
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這個賽季中，鄧肯幫助馬刺隊以西區第一種子的身份，再次進入季後賽，首輪碰上第八種子的曼菲斯灰熊隊，最後2-4的比分被灰熊隊上演老八傳奇，也讓馬刺止步於首輪，未能挺進下一輪。
2011-2012賽季
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這個賽季中，鄧肯帶領的馬刺隊再次以西區第一種子的身分，進入季後賽，儘管本賽季因勞資糾紛僅打66場，但馬刺依舊奪得了50場勝利，從而連續13年勝場50+，創造NBA新紀錄。首輪對上猶他爵士，結果4:0橫掃對手，第二輪碰到洛杉磯快艇，又一次4:0橫掃對手，西區冠軍賽碰上奧克拉荷馬雷霆，馬刺原本2:0領先，不料最後被雷霆4連勝，沒辦法進入總冠軍賽。
2012-2013賽季
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本賽季鄧肯再度率領馬刺獲得58勝24負成績，不僅以西區第二種子身份進入季後賽，更把連續50勝賽季的記錄刷新至14年。鄧肯也以中鋒身份時隔6年再度入選年度最佳陣容第一隊，值得一提的是，37歲的他成為史上入選第一陣容年齡第二老的球員，僅次於38歲入選的賈霸，同時37歲還能每場平均抓下10籃板的除了鄧肯也只有1989-1990賽季的羅伯特·派瑞許了。
2013年3月22日，104比97擊敗爵士，鄧肯搶下16個籃板球，職業生涯例行賽一共搶到13113個籃板球，超過歐尼爾的13099個，躍居NBA歷史排行榜第13位。
2013年4月15日，在對陣湖人的比賽中，鄧肯得到23分，這使得他的生涯總得分達到23768分，超越名宿查爾斯·巴克利（23757分），升至NBA歷史第22位。
2013年5月26日，季後賽第二輪，聖安東尼奧馬刺對曼菲斯灰熊，取得24分、10籃板、2阻攻，生涯季後賽第144場「雙十」，超越威爾特·張伯倫，為NBA史上第二（第一名為魔術強森，157次）。他也達成季後賽個人第500次阻攻，NBA史上第一。
2013年6月20日，馬刺88-95惜敗給熱火，以3-4的總比分丟掉總冠軍，儘管鄧肯奮力砍下24分12籃板4抄截，但錯失關鍵球。這是同樣是鄧肯時隔7年再度率隊晉級總決賽，也是他職業生涯第一次輸掉總決賽。
不老的傳說（2013年至2016年）
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2013-2014賽季
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在夏季休賽期，馬刺隊做了一些調整。尼爾和布萊爾因為合約到期而離開了聖安東尼奧，麥蒂也因為沒有得到總冠軍而退休。簽下義大利三分好手-貝里納利和大個子前鋒-艾爾斯來彌補那些空缺。
2013年12月3日，37歲221天的鄧肯在戰勝老鷹隊的比賽中得到了23分21籃板，比賽最後0.4秒，鄧肯命中了一記絕殺，成為歷史上年紀最大的雙20獲得者。同時，創造了不老的傳說。
2014年4月1日，在對陣溜馬的比賽中，鄧肯得到9分，生涯總得分達到24817分，超越派屈克-尤英升至NBA歷史第19位。
從2014年2月27日到2014年4月3日期間，鄧肯帶領馬刺隊取得了19連勝，創造隊史最長的連勝紀錄。
在總教練波波維奇的執教下，例行賽結束後的成績為62勝20負，表現得出奇的好，亦將連續50勝賽季的記錄刷新至15年。
2014年5月11日，鄧肯在拓荒者戰勝的系列賽第三場拿到19分，並以此超越了卡爾·馬龍，成為了聯盟季後賽得分榜上的第五人。5月12日，聖安東尼奧馬刺對波特蘭拓荒者第四戰，鄧肯取得12分9個籃板2個助攻，生涯季後賽累計4788分、2614籃板與701助攻。繼賈霸之後，成為NBA史上第2位生涯季後賽達4000分、2000籃板與700助攻的球員。
鄧肯在季後賽，首輪艱難的以4比3戰勝剛進入季後賽的獨行俠隊，隨後又在西區準決賽以4比1擊敗艾德里奇所帶領的拓荒者隊。西區決賽再一次遇上了2年前的對手-俄克拉荷馬雷霆，4比2淘汰雷霆，報下了兩年前在西區決賽兩場領先的情況下被逆轉的仇。總冠軍賽，除了第二戰輸2分，其他場都以15+的分數贏球，最後以4-1報了2013的一箭之仇，奪得第五個總冠軍。
2014-2015賽季
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全隊遇上傷病糾纏，在例行賽最後一天敗給紐奧良鵜鶘，從西區第二掉到第六；首輪殊死戰最後關頭被保羅打板絕殺，以3:4被第三種子快艇淘汰出局。在暑假簽下前拓荒者大前鋒艾德里奇，鄧肯宣布回歸。
2015-2016賽季
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2015年11月3日馬刺作客以94比84戰勝尼克，拿下此勝，鄧肯正式超越爵士名將史坦克頓生涯勝場953場，成為NBA在單一球隊效力所達成的勝場數最多的球員。
2015年11月15日馬刺主場迎戰七六人，鄧肯拿下15分，4籃板，5阻攻；生涯阻攻數2955，正式超越前隊友大衛·羅賓森的阻攻紀錄。
2016年2月28日馬刺作客火箭，鄧肯拿下6分、6籃板、6助攻、1阻攻；第五位達成3000阻攻紀錄，是現役最高阻攻紀錄，也成為史上第三位達成25000分、14000籃板、3000阻攻的球員，前兩位是賈霸和歐拉朱萬。
2016年3月11日馬刺主場迎戰公牛，鄧肯拿下7分、3籃板、4助攻、2抄截；NBA史上第六位達成15000籃板紀錄，也成為史上第二位達成25000分、15000籃板、3000阻攻的球員，前一位是賈霸。
2016年3月16日馬刺主場迎戰快艇，所幸第四節板凳軍團完成逆襲打出37比17分，拉開差距，最終以108比87贏得比賽。鄧肯拿下6分、7籃板、2助攻，生涯總得分累積26,399，正式超越前塞爾提克名宿約翰·哈維契克總得分26,395，升至NBA生涯總得分第14名。
2016年4月5日馬刺客場挑戰爵士，以88比86驚險過關；鄧肯贏得此勝，在NBA創下新紀錄，在單一球隊效力贏得千勝的球員；與波波維奇聯手的第1000勝。
2016年7月11日正式宣布退休。
馬刺宣布2016年12月18日，正式退休鄧肯的背號。成為馬刺隊史第八位獲得退休背號的球員。